เป้าหมายหลักของสถาบันเอเชียตะวันออกศึกษา คือ พัฒนาสถาบันฯ ให้เป็นสถาบันวิจัยด้านภูมิภาคศึกษาเอเชียตะวันออก และรวมถึงภูมิภาคเอเชียแปซิฟิก  โดยได้เน้น  3 ประเทศ คือ ญี่ปุ่น จีน และเกาหลี เป็นหลัก ทั้งยังได้ดำเนินการความร่วมมือทางวิชาการกับกลุ่มประเทศอาเซียน+ 3 อีกด้วย 

ด้านวิจัย

  เป็นกิจกรรมหลักของสถาบันเอเชียตะวันออกศึกษา  โครงการวิจัยภูมิภาคศึกษาจะเน้นทั้งการวิจัยพื้นฐานและการวิจัยประยุกต์ การดำเนินการวิจัยประกอบด้วยนักวิจัยของสถาบันเอเชียตะวันออกศึกษา  อาจารย์จากคณะต่างๆ ของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์และนักวิชาการจากภายนอก   ทำการวิจัยในหัวข้อหรือประเด็นที่อยู่ในความสนใจทางวิชาการ   และเน้นโครงการที่จะนำไปสู่ความเข้าใจในประเทศเอเชียตะวันออก, ประยุกต์ใช้องค์ความรู้ในการดำเนินงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง 

โครงการบริการวิชาการทางสังคม

   เป็นภาระกิจหลักอีกประการหนึ่งที่สถาบันฯ ให้ความสำคัญนอกเหนือจากด้านการวิจัยและงานอื่นฯ   ทั้งนี้เนื่องจากเห็นว่ากิจกรรมดังกล่าวเป็นส่วนหนึ่งเป็นประโยชน์กับสังคมและประเทศชาติ  กิจกรรม  ต่าง  ๆ  ประกอบด้วยโครงการจัดฝึกอบรม/สัมมนา   การจัดอภิปราย  การจัดบรรยายพิเศษ  การจัดประชุมวิชาการ ฯ ทั้งในประเทศและระหว่างประเทศ 

โครงการสอนภาษาเอเชียตะวันออก

  เปิดการเรียนการสอนภาษาญี่ปุ่น ภาษาเกาหลีและภาษาจีน  เป็นหลักสูตรระยะสั้นใช้ เวลาเรียน   39-40  ชั่วโมงนอกเวลาทำงาน  สำหรับนักศึกษา และบุคคลทั่วไป   ที่มีความสนใจด้านภาษาญี่ปุ่น  ภาษาเกาหลีและภาษาจีน   เพื่อการศึกษาต่อหรือการประกอบอาชีพ  ซึ่งจัดการเรียนการสอนโดยคณาจารย์ผู้เชี่ยวชาญด้านภาษาทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศ 

ด้านเอกสารและสิ่งพิมพ์

  ดำเนินการจัดทำวารสารและหนังสือวิชาการที่เกี่ยวข้องกับประเทศเอเชียตะวันออก ทั้งด้านเศรษฐกิจ การเมือง  สังคมและวัฒนธรรม วารสารที่จัดพิมพ์คือ วารสารญี่ปุ่นศึกษา วารสารเอเชียตะวันออกศึกษา

รวมทั้งหนังสือวิชาการและเอกสารหลังการสัมมนา ที่จัดทำโดยโครงการญี่ปุ่นศึกษา โครงการจีนศึกษาและโครงการเกาหลีศึกษา

ด้านบริการข้อมูลและสารสนเทศ

  เป็นการเผยแพร่ข้อมูลข่าวสาร  การประชาสัมพันธ์กิจกรรมของสถาบันฯ ออกสู่ภายนอก  เพื่อสนับสนุนการสืบค้นข้อมูลสำหรับการวิจัย  ให้บริการข้อมูลและสารสนเทศเพื่อสนับสนุนงานด้านวิชาการ งานบริการและงานธุรการ     ทั้งนี้เพื่อให้เกิดความสะดวกรวดเร็วในการรับส่งข้อมูลและการติดต่อประสานงานมากยิ่งขึ้น  รวมทั้งจัดเก็บข้อมูลด้านต่าง ๆ   ที่เกี่ยวข้องกับประเทศในภูมิภาคเอเชียตะวันออก  เช่นบทความทางวิชาการ  ทำเนียบผู้เชี่ยวชาญ  สิ่งพิมพ์  ผลงานวิจัยด้านเอเชียตะวันออกศึกษา และเพื่อรองรับการจัดเก็บข้อมูลทางวิชาการของกลุ่มประเทศอาเซียน+3 

ด้านวิเทศสัมพันธ์

  จัดให้มีนักวิจัยรับเชิญ  การพบปะเจรจาแลกเปลี่ยนความคิดเห็นของผู้บริหารกับหน่วยงานและสถาบันวิจัยในต่างประเทศ      เพื่อเสริมสร้างความร่วมมือทางวิชาการและการจัดกิจกรรมด้านต่างๆ    ซึ่งส่งผลให้สถาบันได้มีโอกาสเผยแพร่ประชาสัมพันธ์  กิจกรรมต่างฯ  ออกไปอย่างแพร่หลายมากยิ่งขึ้น 

โครงการบริการอาคารสถานที่

   เปิดให้บริการอาคารสถานที่   สำหรับการจัดประชุม  อบรม  สัมมนา   ให้กับหน่วยงานทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย  จากความพร้อมทางด้านกายภาพ  ที่มีการออกแบบภายในอาคารโดยคำนึงถึงประโยชน์การใช้สอยเป็นหลัก   ประกอบด้วย ห้องสัมมนา  ห้องฝึกอบรม  ห้องปฏิบัติการทางด้านภาษา ห้องโสตฯ   และห้องสมุดสถาบันเอเชียตะวันออกศึกษา   ซึ่งเป็นแหล่งรวมหนังสือภาษาอังกฤษ  ผลงานวิจัยและสิ่งพิมพ์ของภูมิภาคเอเชียตะวันออกและเอเชียแปซิฟิก   มากกว่า  30,000    เล่ม       นอกจากนี้ยังมีบ้านญี่ปุ่นซึ่งใช้สำหรับพิธีชงชา และห้องพักปรับอากาศ  จำนวน  30 ห้อง  ที่ให้บริการกับบุคคลทั่วไปด้วย